Tổ ong mật thường xây ở những nơi được bao che như bọng cây hoặc hốc đá
Tổ ong được hình thành từ rất nhiều ô nhỏ hình lục giác làm bằng sáp nằm sát nhau. Những con ong thợ cũng đi lấy một số các nhựa cây mang về để sửa những chỗ nứt ở tổ của chúng. Ong sẽ phân ra từng khu vực để nuôi dưỡng ong nhỏ cho thế hệ sau, khu vực khác thì để lưu trữ thức ăn.
Tổ ong do ong mật làm thành có thể kết rất dài. Những khoang phía trên và hai bên của tổ ong là nơi lưu giữ mật. Các khoang ở giữa là để lưu trữ phấn hoa. Khoang chính giữa là nơi nuôi dưỡng các ong ấu trùng. Có một số khoang cho các ong đực ở phía chếch của tổ. Góc chếch phía dưới tổ là nơi ngự trị của ong chúa. Tùy vào thời gian các khoang nhỏ này sẽ được sử dụng ra sao, tỷ như trong suốt mùa xuân và mùa hè, đa số các phòng sẽ được dùng đế chứa trứng hay các ong nhỏ, nhưng khi đến mùa thu thì sự sinh sản sẽ bị ngưng trệ để có nhiều khoang chứa mật tiêu thụ cho suốt mùa đông lạnh giá.
Để bảo vệ tổ, luôn có những chú ong canh gác cẩn mật đường vào tổ, vì loài nào hầu như cũng khoái cướp số mật trong tố đó hết, ngay cả với những loại ong khác. Để nhận biết con ong nào cùng tổ, ong của mỗi tố có một mùi đặc biệt khác nhau. Những con ong canh gác trở nên rất hung dữ khi cảm thấy tổ bị kẻ thù đe dọa. Khi kẻ thù quá mạnh và chúng cần sự tiếp sức, những con ong này sẽ tiết ra một chất hóa học đặc biệt (pheromone) mùi chua để báo động tới những con ong khác trong tổ bay ra ứng chiến và tiếp sức.